多层土建移动冷库建设成本主要是土建结构，可以占到70%以上，其他部分主要为配套设备设施投资，比如制冷和保温系统、电气、电梯、叉车等，为满足温度和基本的搬运需求而确定，品牌和类型众多，技术和产品非常成熟。自动化高架冷库主流建设方式又分为库架分离式和库架一体式两种。
移动冷库库架分离式在设计和技术方面门槛较低、难度较小，但由于多了土建结构，建设成本等投资较大，空间有效利用率较低。库架一体式冷库具有造价低、结构稳定性好、空间利用率高、建设周期短等优势，为比较先进和理想的冷库建设方式，但技术难度大，国内仅少数厂商掌握其核心建造技术。
自动化高架冷库主要建设成本除了结构部分外，还包括了堆垛机、输送机、自控门、穿梭车等仓储自动化设备及控制系统，根据不同的冷库布局和吞吐量等，造价也不相同。根据有关了解，同样建设一座25000吨冷库，土建多层冷库按照传统的冷库形式配置设计，自动化高架冷库采用行业内较为先进的自动化设备和制冷设备、不锈钢外壳保温方式等，总的建设成本都在8000万到9000万元之间。
装配式移动冷库多数指钢结构库房、保温库板拼装方式的冷库，一般为单层，占地面积较大，由于钢结构造价比土建结构低，再加上近年钢材价格持续走低，其建设成本总体较低。
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